Er wirkte lange Jahre als Diakon mit Zivilberuf in Eltmann. Auer wurde 1954 in Haßfurt geboren. Er erlernte den Beruf des Bankkaufmanns. Am 27. Oktober 1985 empfing er in Würzburg durch Bischof Dr. Paul-Werner Scheele die Weihe zum Ständigen Diakon. Im Anschluss wirkte er bis zu seiner Entpflichtung im Jahr 2010 als Diakon mit Zivilberuf in Eltmann. Sein Schwerpunkt war die Hospizarbeit. Ab 2008 war Auer zudem Präses der Kolpingsfamilie Eltmann.
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